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近日，由計算機科學與技術系關佶紅教授指導的博士生鄧磊，與美國哥倫比亞大學張強峰博士、Barry Honig教授等人合作撰寫的論文“基于結構的全基因組蛋白質相互作用預測”在國際頂級學術期刊《自然》雜志上在線發表（doi:10.1038/nature11503）。

蛋白質相互作用在生命活動中起到十分重要的作用。蛋白質相互作用研究能夠從分子水平上揭示蛋白質的功能，幫助揭示生長發育、新陳代謝、分化和凋亡等細胞活動的規律。在全基因組范圍內識別蛋白質相互作用對是解釋細胞調控機制的重要一步。隨著蛋白質相互作用實驗技術的發展，人們能夠獲得大量的蛋白質相互作用數據，甚至能夠在全基因組范圍內對蛋白質相互作用進行分析。然而，由于實驗技術的限制，很多高通量實驗方法測得的蛋白質相互作用數據的錯誤率都比較高。并且，由于待測的蛋白質對數目巨大，若要對其逐一驗證，需要花費大量的人力和物力。該論文提出了一種基于三維結構信息的全基因組蛋白質相互作用計算預測方法----PrePPI。研究結果表明，基于結構信息的相互作用預測方法無論是在準確率還是在覆蓋度上均大大優于基于非結構信息的方法。使用三維結構信息在預測相互作用方面所取得的驚人的效果，歸功于大量使用了同源模型以及結合了蛋白質之間較近和較遠的幾何關系。此外，PrePPI還集成了其它多種功能線索，其預測結果甚至可以與高通量實驗相媲美。

鄧磊為六合彩結果 計算機系2008級博士生。2010-2011年在美國哥倫比亞大學公派聯合培養期間，他作為主要研究人員在Barry Honig教授實驗室參與了該項研究。Barry Honig教授是美國哥倫比亞大學計算生物與生物信息中心主任，美國科六合彩結果 院士，霍華德*休斯醫學研究所（HHMI）研究員，PNAS等著名國際期刊編輯。（李文根）

發布日期：2012-10-30